在現實世界，日本某間再正常不過的高中天台，一個男生雙手合十、低頭的拜託眼前女生替他辦事。
「拜託了！我的帳號被人偷了！求你幫我取回吧！」面對這名連頭都不敢抬起的四眼男生，站在他面前的褐髮女生不禁扶額嘆息。
「真不明白，為什麼你總會遇上麻煩，之前不是把一隻數碼獸送給你、保護你的電腦嗎？」女生想要找藉口推掉對方的請求，不過他的答覆讓她無法推搪：「牠被殺了！都不知道是我不夠好還是牠太弱，當我醒來時就發現自己的帳號被偷走了！連數碼獸都被殺掉！」
「知道了，我就幫你吧！不過我不知道對手是什麼人，若果太強的話我都無法幫助你。」因此她答應了男生的請求。
放學後，她回到位於某街巷的日式雙層住宅，就回到位於樓上的房間。
一打開房門，就貼滿了不同的海報及紙張。其中最多的是某人的畫作。
「姐姐，你回來了？」女生的弟弟獅堂達也在樓下問道。
「啊啊，待會晚飯前叫我，我要去一躺數位世界。」女生把書包扔到床上，就到書桌拿起類似眼罩的裝置、戴上，就到了由1及0構築而成的世界——數位世界。
數位世界Wonderland——由大財團拉普拉斯斥資研發出來、現時只在日本運行的全國覆蓋式虛擬空間，旨在讓人們能夠以五官全方位沉浸於虛擬世界。在那裡，所有人都能以另一個身份示人，前提是要有帳號。這帳號相等於身份証明，由於現今絕大多數服務均與這個空間帳號連動，因此失去帳號幾乎跟世界斷絕連繫無異。
而女生則以真面目示人，彷彿不怕有人攻擊她。
「用戶名稱：未希，狀態：登錄成功。」她視線邊緣的位置顯示著這字句，虛擬身體都在這空間中成形。
「好了，先到浩一的連接端開始搜尋吧！」未希已經開始磨拳擦掌。
因為數位世界的誕生，黑客的門檻大幅下降。與此同時亦是新威脅的開始。
數碼獸——一種神秘的電子生命體，沒有人知道牠們的起源。只知道牠們能夠協助數位世界使用者去辦事，包括保護網絡。
而委託未希的男生——松谷浩一的數碼獸——積木亞古獸被某位黑客消滅，使他能入侵並奪去浩一的帳號。因此可以確定是等級比牠還要高的數碼獸。
未希在數位世界穿梭，直到找到浩一從家登入到數位世界的連接埠開始調查。
通常使用者只能透過插件使用數碼獸，使牠們為自己賣命。但有些人因為擁有某些插件，能夠干涉數位世界的空間數據，使這世界能為自己生成某些東西，這是這個時代的黑客。未希就是一份子。
她檢查完連接埠的日誌後，就鎖定了對方的等級及分類——完全體。
「這下麻煩了，我最多只能針對數據種完全體而已，在不知道對方是甚麼種類下很難處理。這下只能作罷嗎？」未希在判斷成功率後就宣佈放棄，轉而開始自己在這裡的日常——尋人。
她父親獅堂元一郎是拉普拉斯某員工，但在某日再也沒有回來。使年紀幼小就失去母親的兩姐弟只能居於祖輩家中互相依賴，利用父親及祖輩生前留下的財產再加上兼職生活至今。至今她仍在尋找父親。
「父親你到底在那裡？」未希在不知不覺間走進數位世界某個杳無人煙的角落，更不知道自己被盯上了。
數位世界各處除了被特別標註的網址，幾乎所有領域、地區都是由數據組成、外觀為藍色的結構物，使數位世界看來似一個城市。在這裡的用家除了走路，亦可選擇飛行，不過未希似乎比較喜歡走路。
她把眼前的景物逐一跟房間內某人的繪圖對比，打算找出圖畫主人的所在。
「你在數碼世界嗎？爸爸？」未希看著眼前跟圖畫一致、擺放著一些幼童遊樂場玩意的地方問道；但就在她再往前走時，一隻類似蜘蛛的數碼獸從高處跳下來試圖襲擊她。幸好被某人從背後拉開，使她避過了施襲者——地獄使者獸的泰山壓頂。
因為這一切太突如其來，未希看見眼前有個身穿天藍色鎧甲的人型個體在她面前，大概就是牠救了自己吧？
「你沒事吧？」那個人型個體問道，然後就利用袖劍把眼前的數碼獸斬殺掉。似乎被斬殺的就是搶走浩一帳號的傢伙，牠被刪除以後就剩下一些被留在這空間的數據。那個人型個體回收這些數據就交給未希。
「你不是人類吧？就算是頂尖黑客，都只能使喚完全體跟完全體對抗，你……」未希在記憶嘗試搜尋有關眼前個體的資訊，而牠的外表就出現在插圖當中。
「是爸爸所見過的、名為皇家騎士的其中一員吧？」人型個體見有人知道自己是什麼人，就把浩一的帳號數據及某些數據交給未希。
「果然是元一郎的女兒，那我就可以放心交給你了。」人型個體把那些數據交給未希後，就預備離去但被拉住了。
「等一下，你認識我爸爸？那麼他人在那裡？」
「對不起，我只跟他相處過一段時間，但是他之後到了哪裡我不知道。」人型個體想了想，認為就此丟下未希並不太好，於是把一些資料都傳送給她。
「這是我的數據，有了它，你就能在需要時叫喚我的複製品來助你渡過難關。」人型個體說罷就離開了。
牠走了以後，未希立即翻查管理數碼獸的插件，發現多了一項：
究極V龍獸
究極體，聖騎士，疫苗種
從古代數碼世界流傳下来的只在某个「預言」中登場的傳說中的聖騎士數碼獸。在這個「預言」裡記載了網絡世界的守護神「皇家騎士」的出現，傳言被稱為「皇家騎士」的數碼獸們，會在數碼世界陷入最大危機時刻聚集到這個「預言」名下。sjdvwu#+$;2)"7_2?_
之後幾乎全是亂碼，皆因人類對數碼獸的認知只有幼年期一、二、成長期、成熟期及完全體這幾個階層。究極體幾乎不存在於這個世界，但因為這插件是未希父親留給她，才能擁有究極V龍獸的詳細資料。
她詳閱究極V龍獸的資料後，就打算再向前走，看看越過眼前的遊樂設施後能否到達父親的所在——數碼世界。不過還是被人阻撓。
一發足以把未希燒成灰燼的火球向她襲來，幸好她反應敏捷，及時後退。否則她將會因為於數位世界被襲擊而送院治理，這是因為進入數位世界的是精神數據，萬一這數據體被攻擊，那人在現實中都會受傷，但並不是皮外傷，而是以相應的疼痛來呈現。
未希避開攻擊後就看看攻擊軌跡，試圖找出施襲者。
「古拉獸，繼續攻擊。」一名戴面具的男子下令，赤紅色的巨龍——古拉獸就向未希噴出火焰。不過因為她已經知道施襲者的位置，所以輕易避開了。
「病毒種嗎？那就用含防毒程序的對數碼獸武裝吧！」未希說罷，就召出一把劍到手中。
對數碼獸武裝—是因為有些黑客沒有數碼暴龍，但為應付幾乎戶戶都有數碼暴龍的時代而開發出來、針對數碼獸的數位武裝。跟數碼獸一樣有著相應的分類：疫苗、數據及病毒三種，因此面對自由種或無法分類的數碼獸時就會陷入苦戰。
「沒想到目標在一個黑客手中，古拉獸。」男子下令，古拉獸就立即衝向未希，預備展開近戰。縱使擁有對數碼獸武裝，因為只是單純含有針對某部分數碼獸的數據，所以使用這武裝十分講求使用者的體力。因此古拉獸一爪揮向未希，她只有格擋的份兒。
「把數碼蛋的數據交出來，否則別怪我不客氣。」男子勸說，但未希似乎不想交出去，因為她認為這蛋可能跟父親去向有連繫。
男子見未希不願答應，就讓古拉獸把未希燒成灰炭，豈料……
「你這惡龍給我住手！」一隻頂著橙色雞冠頭的成長期數碼獸——比特獸從不知何處竄出來，咬住古拉獸的尾巴。
但明顯比特獸的咬咬功對師拉獸一點效用都沒有，只見牠甩一甩尾巴，比特獸就滾到未希身邊。
「痛痛痛痛……這位小姐你沒事吧？」比特獸先是抖擻一下，彷彿忘記自己受傷的問道，讓未希十分無語。
會說話的成長期……難道是來自數碼世界的嗎——未希看著男子身後的遊樂場設施，但無奈自己現在無法戰勝前方的古拉獸，今次似乎只好作罷。
於是她立即召出另一件武器，向古拉獸射擊，使牠麻痹。然後就直接離線。
剛剛離線回到現實世界，未希就立刻脫下進入數位世界的眼罩，檢查跟電腦連接、擁有數位世界應用程式及其內置插件的智能手機，豈料她剛剛一開啟數位世界的應用，那個平時沒有碰過、用以存放及管理數碼獸的應用程式Digivice突然彈出比特獸的點陣圖，似乎是剛才的比特獸。
「呼～幸好追蹤到你的數據流向，否則找不到你呢！」比特獸說道，就被未希關閉牠的視窗。
不過，過了不久，牠的視窗又跳出來，說：「吶，你要不要拍檔？我可以成為你的拍檔。像我這些數碼暴龍非常需要馴獸師的協助來變強。」
「你另覓高人吧。」未希冷冷的回應，但未能讓比特獸死心：「但你剛才面對那古拉獸都陷入苦戰呢！不論如何你都需要數碼暴龍協助吧？我呢，想要成為能夠幫助弱小的英雄。所以幫我吧！」
未希死死的盯住在電話中的點陣圖，正考慮要不要接受請求。因為究極V龍獸，她知道父親在數碼世界，而根據父親留下的線索，那個遊樂場設施就是通往數碼世界的入口。不過，為什麼父親進入數碼世界後連身體也消失了？那個地方應該只在數位世界存在，而數位世界只有精神數據能夠進入，難道現實世界有入口嗎？那不就代表數碼暴龍都有機會直接出現於現實世界嗎？
於是未希答應成為比特獸的拍檔，只為了找到進入數碼世界的入口。
在日本某處的酒吧，一名染金髮、身穿黑皮衣的大叔從吧檯後面的房間出來，就看見一個身穿黑色連身裙、頭戴黑色闊邊帽子、戴著黑墨鏡的貴婦正在吧檯等候。
「真沒想到來自拉普拉斯集團的麗莎夫人會到來嘛！」大叔嘲諷著，夫人只問了一句：「那蛋呢？」
「因為一隻調皮的數碼暴龍攪局，讓持蛋的跑掉了。不過那數碼蛋真的這麼特別嗎？」大叔倚在吧檯問道。
夫人聽了，就微笑，輕輕拉下墨鏡問：「如果我說那蛋能夠掌控傳說中數碼世界的未來呢？」
「呵…原來如此嘛？那真的接了宗不得了的委託。」大叔說罷就拿出電話，打開數位世界的應用程式，說：「我這裡有持蛋者的資料，你可以拿去找出那人在現實世界的身份，不過……」
大叔壞笑，夫人都知道他想要什麼，就說：「當然可以吧！不過不忘替我辦多件事——去尋找這個數碼暴龍。」
夫人拿了數據，留下某個愛拿著雙槍、駕著愛駒風馳電掣的數碼獸的相片就走了。大叔拿起相片打量了一會兒，就望向吧檯後方那陰暗處，那裡站著一個穿著黑皮衣，打扮跟一般不良少年無異的人。
「你不打算回去嗎？」大叔問道。
「我對那群傢伙有關統治世界的妄想一些興趣都沒有，我只想你幫我讓那傢伙變強而已。」
「呵，果然跟你的偽裝一樣血氣方剛呢！但你為什麼戰鬥？日夜不停的戰鬥不會累嗎？」
「嘖，少嘮叨！」少年回話後就出門去。
數碼暴龍圖鑑
地獄使者獸
等級：完全體
屬性：不明
種類：不明
初登場於數碼暴龍劇場版電影《我們的戰爭遊戲》在當時以水母獸之姿出現，進化成哈哈獸後被暴龍獸及比多獸攻擊，然後直接跳級進化成這傢伙。還要非常聰明的趁比多獸及暴龍獸超進化時突襲，認真厲害！
古拉獸
等級：成熟期
屬性：病毒
種類：魔龍
初登場於《數碼暴龍：馴獸師》（港譯：數碼暴龍03）是當中主角的拍檔數碼暴龍基爾獸的成熟期進化體。
根據在網上找到的資料，牠有個非常帥氣的別稱：深紅魔龍。相比起基爾獸，古拉獸更兇暴；但視乎馴獸師的培育方式，古拉獸都會為正義而戰。
究極V龍獸
等級：究極體
屬性：疫苖
種類：聖騎士
動畫初登場於《數碼暴龍DS》（一拳打爆究極體的那個男人，但牠非常影薄，幾乎沒有印象牠有出現過）但最初登場於漫畫《V-01馴獸師》，而且是八神太一的拍檔（此太一不是電視見到那個，只是同名兼同一長相而已），同時亦是《數碼暴龍02》主角大輔的拍檔V仔獸毋須跟蟲蟲獸合體進化時所能達到的究極體（帥爆！）
比特獸
等級：成長期
屬性：病毒
種類：兩棲類
在初期的對打機就已經存在，但在動畫是個非常路人甲的數碼暴龍。在遊戲機中，牠可是能夠進化成《大冒險》中的暗黑四天王—鋼鐵海龍獸啊！除此之外就是在遊戲《駭客追憶》中作為初始數碼獸(相等於寵物小精靈御三家的概念)登場。
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