1月31日，以涅墨西斯號為首的艦隊進入SIDE4的殖民衛星「甘泉IV」進行補給和人員交接，切薩皮克號等也在這時脫離第十三特遣艦隊，第十三特遣艦隊這時得到補充，新建的哥倫布級宇宙戰列艦尼尼亞號和平塔號加入艦隊，這時加入的還有原屬第三特遣艦隊的赫克托號護衛艦。同時，第十三特遣艦隊改編為特混艦隊，由第二艦隊直轄。
隔天，艦隊離開SIDE4，在兩天的航行後接近地球，第二艦隊先遣隊已經接近，預計在三小時後即可會合。
突然，雷達兵在無線電中說:「偵測到N干擾加劇，附近可能有敵軍主力部隊!」
艦長馬上下令:「突擊者出擊，在艦隊周圍護衛，準備反光束爆雷。」
隨著艦長一聲令下，突擊者的駕駛員托爾•海森快速啟動機體的核反應爐，整備班在外部斷開了連接的電線，隨後把機體移動到出擊點位。
很快，機體自檢完成，駕駛艙門自動關上，隨後托爾點燃推進器，機體快速從艦底的艙門飛出，在離開艙內後，機體覆蓋的相轉移裝甲啟動，PWS也進入待命狀態。
同時，在慕佐第三艦隊的旗艦香格里拉號上，第三艦隊司令佛雷德•哈曼已經透過偵查機確認了地球軍艦隊的所在位置。
「機動戰士中隊出擊，發射N干擾彈！」哈曼在艦橋上下令，同時，數十架機動戰士從艦隊中出擊並透過暱稱為「木屐」的長程助推器飛向目標方位。
在雙方劍拔弩張之時，第二艦隊先遣隊目視發現了慕佐軍艦隊，先遣隊指揮官立即下令：「戰列艦立即開砲轟擊，格拉斯哥號和旗艦愛丁頓號加速，直接進攻敵主力！」
在他下令後，反擊號戰列艦向慕佐軍打出了一輪齊射。
「命中敵一艘機動戰士母艦！」射擊結束後，地球軍一名觀察員向指揮官回報。
「準備發射魚雷，愛丁頓號，轉至L210，魚雷管T1到T6裝填颱風，完畢後發射」
隨後，愛丁頓號快速轉向，在瞄準了慕佐軍一艘切瓦金級後，六枚魚雷快速衝出，直奔慕佐軍而去。慕佐軍由於N干擾而沒有發現這波魚雷，當艦上士兵目視發現時，一切已經太遲了。
三枚魚雷命中了旗艦香格里拉號，三噸戰鬥部的爆炸瞬間撕裂了艦體，戰鬥艦橋及時脫離，但香格里拉號帶著六架瓦法拉一同被擊毀在宇宙之中。
在旗艦被擊毀後，慕佐軍的機動戰士小隊開始迅速撤回。他們快速脫離「木屐」並點燃機體的引擎，迅速突破防線，朝著第二艦隊先遣隊的方向飛去。
反擊號上的指揮官正忙著清點戰果，臉上露出一絲疲倦的笑容，似乎一場戰鬥已經結束。突然，一個警告信號在艦橋的控制面板上閃爍，指揮官的笑容瞬間凝固。就在此時，一架機動戰士毫無預警地出現在艦橋前方，並開火了。
一發火箭彈穿透艦橋，指揮官和所有參謀幾乎沒有反應時間，瞬間被擊中。反擊號的艦橋猶如紙糊般在激烈的火光中四散，指揮官的最後一聲命令未能發出，整個指揮層瞬間陣亡。隨著艦橋被摧毀，愛丁頓號也未能倖免，三枚火箭彈精確命中艦體，巨大的爆炸將它撕裂，船體瞬間變成一片火海，碎片四散在無垠的太空中。
而格拉斯哥號則遭遇了更加致命的圍攻。六架機動戰士接近了它，手持閃耀著鋼鐵光芒的電熱斧，迅速切割開艦體的防護層。艦內傳來震耳欲聾的轟鳴聲，隨著斧刃的劃過，艦體的結構開始崩解。就在一切看似無可挽回之時，格拉斯哥號的彈藥艙在極限的壓力下爆炸，整艘艦船化為一團耀眼的火球，在太空中消失無蹤。
第二艦隊的先遣隊在這一刻全軍覆沒，沒有人再能報告戰況，宇宙中回蕩的只有破碎的通信信號與無聲的遺骸。
隨後，慕佐軍的機動戰士小隊撤出戰場，向遠處趕來支援的瓦列科夫號飛去。
幾天後，第十三特混艦隊接近第三同步軌道站，這裡是第二艦隊的駐地，也是地球軍最後的太空要塞。
在艦隊入港之後，新任司令布萊特•米切爾上校登上涅莫西斯號，原艦長尤里•庫加索夫則下船轉任第二艦隊參謀長。
2月10日，這是普通的一天，第二艦隊正在進行補給作業，準備在完成補給後掩護涅莫西斯號前往地球上的地球軍地下機地「雲峰基地」。
突然，一架在外圍巡邏的RMS-S1「角鬥士」傳回消息：「發現聯軍主力，約有16艘戰列艦、27艘巡洋艦、7艘機動戰士母艦和驅逐艦、護衛艦若干，正以31m/s的接近率靠近要塞，預計9小時後基地會進入艦隊射程。」
基地司令卡爾•馬克思上校立即下令：「第二艦隊前出迎敵，準備Solar System」
在遠處，地球軍第七特種部隊群進入了SIDE3的墳場軌道，這裡藏有地球軍的終極武器「戰略軌道線性湮滅反射系統(Strategic Orbital Linear Annihilation Reflector System, SOLAR System)」，當指揮艦Axis啟動後，藏在廢墟中的數千個反射鏡開始集中並變軌，它們需要轉動到正確的角度才能接收來自地面的高能雷射，這其實是備用方案，該系統在設計之初由三組反射鏡構成，可以反射太陽光，但隨著SIDE1淪陷，Solar System無法接收太陽光，因此用雷射推進光束代替。
同一時間，在聯合艦隊旗艦「羅伯特·李」上，慕佐前線司令佛雷德•哈曼中將收到了最終指令:「SM作戰開始，N干擾啟動。」
隨後，數百架機動戰士，主要是攻堅型鬼怪II和MS-07砲擊型老虎，從戰艦上起飛，搭乘「木屐」向第三同步軌道站飛去。
幾分鐘後，第二艦隊旗艦馬來亞號目視發現了慕佐軍機動戰士小隊，艦隊隨即散開，在艦隊正中的超大型運輸艦「至高無上號」漆黑的艦身露了出來，隨後，至高無上號的貨運艙開啟，巨大的新式機動堡壘「阿特拉斯」從中出現，阿特拉斯背上的巨型光束砲在啟動後自動鎖定慕佐軍艦隊。
「參數無誤，打擊者II開火！」隨著操作員一聲令下，六門打擊者II光束砲向慕佐軍艦隊開火，瞬間殲滅了半數的機動戰士。
「PWS釋放，自動攻擊模式」隨後，操作員放出了遙控武器平台，這些武器平台自動衝入敵軍艦隊，它裝備的主炮雖然只有三發的備彈量，但可以一炮擊沉一艘戰艦，在6個PWS的攻擊下，作為前鋒的所羅門艦隊損失慘重，旗艦戴昆號也被擊沉。
這時，趁著PWS回收的空檔，慕佐軍的宇宙驅逐艦陽炎號等點火加速，向阿特拉斯衝去，然而，阿特拉斯直接發射了超級梅杜莎複相光束砲，瞬間殲滅了來犯的慕佐軍前鋒。
這時，托洛茨基號從側面出現，神意和命運快速出擊，他們以高速穿過了第二艦隊構築的火力網，接近到距離阿特拉斯不過300m處，然而，他們近距離發射的火箭炮卻無法擊穿裝甲。
這時，命運的駕駛員索德•漢斯選擇直接使用光束劍進行切割，這招很快奏效，阿特拉斯的駕駛艙直接被切開，隨後發生了爆炸。
同一時間，地球軍已經完成了Solar System 的準備。「發射目標確認，啟動雷射！」隨著操作員向地面發報，位於北非沙漠地區的第二推進光束站向SIDE3發射了雷射，這些雷射透過反射鏡直接照射在慕佐軍艦隊，慕佐軍完全無法抵擋這種攻擊，參與進攻的主力艦編隊在太陽光的照射下全毀，但是，機動戰士母艦仍保持完好。
很快，列寧號的艦長米哈伊爾•格拉西莫夫就接過指揮權，他馬上下令：「機動戰士小隊繼續進攻，務必佔領要塞！」
同時，他向慕佐軍總部請求支援：「目前戰況惡劣，請求使用赫布法普斯！」
很快，慕佐軍總部給了回覆：「赫布法普斯將在6小時後到位，預計19:00可以開火。」
之後，地球軍第二艦隊開始轉向，似乎準備從側面進攻聯合艦隊，格拉西莫夫馬上下令：「增援部隊出動，剩餘攻略艦隊以列寧號和巴赫穆特號為中心集結，龍鳳號和龍驤號第二批次機動戰士出擊。」
隨後，第二批93架MS-07 「攻堅者」從兩艦升空，向目標飛去。布哈林號突擊登陸艦率領的登陸艦隊也點火向要塞飛去。
這時，在第二艦隊旗艦馬來亞號上，第二艦隊參謀長尤里•庫加索夫少將收到了命令：「偵查機發現另外兩支慕佐軍艦隊，其中共有突擊登陸艦16艘，機動戰士母艦6艘，戰列艦4艘，驅逐艦、護衛艦若干，已經接近要塞。」
庫加索夫立即下令：「第二艦隊撤回要塞，讓菲律賓海號、探路者號和勝利者號護衛涅莫西斯號脫離艦隊前往地球。撤離至高無上號上的成員，完成後將之鑿沉。」
隨後，艦隊開始轉向，涅莫西斯號等脫離艦隊，點火開始減速，準備下降到澳大利亞沙漠地區。第二艦隊則向要塞撤退。
同一時間，慕佐軍的突擊登陸艦隊突破了外圍火力網，迅速向要塞靠近。三艘突擊登陸艦高速駛向要塞的外層防護壁。這些艦身龐大的登陸艦被特製厚重裝甲包覆，前端呈現出楔形，猶如鋼鐵砲彈一般，並裝載著數十台待命的機動戰士與破壞裝備。
當慕佐軍突擊登陸艦接近要塞時，指揮官迅速下達了進攻指令。「所有機動戰士準備出艙，突入要塞內部，奪取控制權！」指令一出，艙內的紅色燈光閃爍起來，警告音效回蕩在狹窄的艙內通道中，準備登陸的慕佐軍士兵與機動戰士駕駛員迅速進入狀態。
突然，一陣劇烈的震動從艦身傳來。突擊登陸艦的艦首猛烈撞擊在要塞外壁的防護板上，發出震耳欲聾的巨響。巨大的合金艦體在撞擊下穩定下來，並迅速穩固於要塞外部。艦體底部的抓鉤和鎖鉤深深鑲入防護壁，彷彿一顆顆鋼釘將登陸艦固定在要塞外殼上。
「前鋒小隊，出擊！」隨著操作員的命令，艦體側翼的艙門猛然打開，數台「鬼怪II」和「老虎」依次衝出艙門，展開噴射，向著要塞內部的戰鬥區域猛撲過去。這些機動戰士迅速在要塞的走廊和維修通道內移動，裝備著破壞專用的高能爆裂彈和破門裝置，開始破壞要塞內部的防禦設施。
地球軍的守軍部隊發現登陸艦突入的同時，立刻展開防禦。然而，慕佐軍攻勢迅猛，機動戰士一波波湧入，迅速掃清了要塞外層的防線。地球軍的守軍艱難抵擋，卻在裝甲強度遠超過防禦火力的「鬼怪II」面前顯得捉襟見肘，手中的輕武器甚至難以穿透機動戰士的外層護甲。
「緊急報告！外層防禦線被突破！敵軍機動戰士已經進入要塞通道！」一名地球軍通訊員緊張地向司令部回報，聲音中帶著明顯的驚恐。要塞控制中心的指揮官卡爾·馬克思上校神情凝重地看著大屏幕，屏幕上顯示出要塞各處被入侵的警報。他迅速調整人員佈防，試圖阻止敵軍的進一步擴張，但兵力不足的現實讓防線接連崩潰。
慕佐軍的機動戰士繼續向要塞深處推進，掃清了層層防線。很快，他們到達了要塞的控制中心附近。最後一道防線上的地球軍士兵奮力抵抗，拉起機槍和反裝甲火箭等重型武器朝著敵方開火，甚至用上了臨時佈設的爆破陷阱。但這些簡陋的防禦在慕佐軍的強大火力下難以支撐太久。
就在地球軍士兵逐漸失去防線、控制中心岌岌可危的時刻，遠處的外層雷達顯示出第二艦隊的回援信號，然而距離仍有13分鐘，支援似乎來不及。卡爾·馬克思上校看著眼前的一切，心知此時已是決戰之時。他握緊通訊器，沉聲命令：「堅守到最後一刻，保護要塞！我們必須阻止敵人奪取控制權！」
當第二艦隊到達要塞時，已經有三艘突擊登陸艦降落到要塞上，還有數艘突擊登陸艦正在接近，第二艦隊立即開火，瞬間擊沉了兩艘突擊登陸艦，機動戰士小隊也和慕佐軍的數十架機動戰士發生纏鬥，但地球軍落後的機動戰士被輕易擊敗，艦隊反而遭到攻擊，數艘戰艦被擊沉，旗艦馬來亞號也被六架老虎圍攻，數枚火箭彈擊中了艦艇動力艙，馬來亞號隨後發生了殉爆，全艦無一生還。
不久，慕佐軍攻入了要塞控制中心，要塞司令卡爾•馬克思上校在說出遺言:「地球邦聯的民主自由萬歲！」之後引爆核彈，和慕佐軍登陸艦隊同歸於盡。
至此，SM作戰結束，地球軍第二艦隊幾乎全滅，第三同步軌道站也被擊毀，地球軍徹底失去了對宇宙空間的控制。
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