接上一部
反抗軍第一艦隊逃出了IMC的包圍圈，IMC只好繼續追擊，第一艦隊在逃亡過程中，利用探機找到了大量生命信號，IMC也發現了所以將領葛瑞夫，派出了布里斯克去追擊，但布里斯克看到了特洛伊上的殖民地後，慘無人道的用這裡的人測試了第一代幽靈戰士的服從性，這裡的人受到了幽靈戰士的殺戮便發送了求救信號，這個求救信號被第一艦隊接收到，這時候第一艦隊雖然搶到了燃料但是兵力因為上一戰損失了54輛艦船所以極需補充人員。
第一艦隊考慮到倖存者可能會加入反抗軍，指揮官沙拉就帶著鐵馭們上去查看，但是布里斯克也看到了第一艦隊來了，隨即加了三批幽靈戰士上場，這些幽靈戰士收到了追殺反抗軍第一艦隊的指令，正在雙方全力的廝殺時IMC人工智能機器人鷹眼攔截了反抗軍第一艦隊跟一位神秘人的通訊，這位神秘人就是15年前從IMC叛逃的軍官『麥考倫』麥考倫曾經是IMC海軍中將格瑞夫的好朋友以及下屬，兩人不僅惺惺相惜，還經常使用模擬戰爭遊戲來進行訓練，格瑞夫想利用升值來改變IMC內部的醜惡，但麥考倫認為IMC已經病入膏肓想用兵變來解決問題，格瑞夫雖然反對麥考倫的想法，但麥考倫已經決定了，所以格瑞夫也做了決定，讓麥考倫駕駛著奧德賽號離開了(這就對接上了世界觀初始麥考倫為甚麼離開更詳細內容)，麥考倫就駕駛著奧德賽號到了特洛伊星，並在特洛伊星上殖民，過上了隱居的生活，只不過這都是之前發生的故事。
現在的聽到了好友聲音的格瑞夫，立即讓鷹眼跟麥考倫建立聯繫，並質問麥考倫為甚麼會跟反抗軍聯繫，但現在的麥考倫跟以前一樣認為格瑞夫還是站錯了邊，他還表示自己始終還是那個非常清醒的人，此時此刻沙拉指揮官因為痛恨IMC所以她認為前IMC軍官是不能信任的，但麥考倫對沙拉表示如果能救下被IMC屠殺的船員，他就願意為第一艦隊甚至整個反抗軍提共幫助。
沙拉在另一個指揮官毘沙的勸說下，沙拉同意派駕駛運輸機前往奧德賽號墜毀的山涯，幫助前IMC船員離開特洛伊星，而對麥考倫來說妻子的遇難對麥考倫十分的痛苦，所以他也堅定的加入了反抗軍，但麥考倫堅持去奧德賽號調取數據資料，鐵馭們為了爭取時間浴血奮戰著交戰，但是毘沙難以置信的是麥考倫下載的是古神星的設計藍圖，在毘沙的認知古神星是IMC在邊境上最大的燃料補給站，那有著非常強大的兵力，僅僅只是空中力量就可以把整個反抗軍艦隊消滅，但麥考倫依然堅持下載設計藍圖，在麥考倫看來只有攻陷古神星，反抗軍才有反抗的機會，藍圖下載完後反抗軍表示這是他們由史以來收集過最寶貴的情報，毘沙也說服了沙拉遵從著麥考倫的指揮，在此戰後麥考倫準備去天使城尋找他的熟人霸克。
【霸克介紹篇 : 霸克曾是一名IMC的優秀飛行員，也是一名出色的鐵馭，但因為霸克有著酗酒問題被IMC給開除，霸克熟悉許多星際路線包括隱密之境】【幽靈戰士介紹篇 : 幽靈戰士是IMC的軍事武力之一，幽靈戰士是機械士兵，有著比原本步槍兵還要更好不知幾倍的準頭，還有因為他們是機械所以能在很多極端環境下生存，作戰效能比步兵不知強好幾倍。】
