晴朗無雲的星期天早晨，在地球的某處發生原因不明的大爆炸，瞬間昏天地暗。從此太陽不曾升起，世界陷入永恆的黑暗與絕望之中，這天被稱為──『遺失的星期天』。 大爆炸產生了兩種異變，一者為代表絕望、會侵蝕人體的『闇影』，另一者則是被視為希望、帶來光和熱的『第二顆太陽』──『米修斯』。

    闇影受害者之一的埃爾，在遺失的星期天發生後過了八年自醫院醒來，但卻失憶。而醫生告知他為遺失的星期天中，闇影汙染唯一倖存的人。

    埃爾雖回歸正常生活，卻又意外捲入紀念太陽的光明日遊行中的暴動。那裡竟現身未曾再出現的闇影，導致他體內的闇影產生反應。為了不被發現闇影寄生體內，在急亂逃跑時，意外撞上一名遊行隊伍中躲避追殺的米修斯──西西莉。

    自西西莉的口中得知安置米修斯的伊甸園內部，竟已被闇影漸漸侵蝕……在政府搜查西西莉的情況下，被迫投靠反政府組織。而反政府組織真正的目的，竟是要進攻伊甸園……