在《破》的結尾，覺醒了的初號機連同真嗣和綾波被凍結，改造成自律型後的Mark.06被投放至中央教條，第三次衝擊繼而發生。十四年後，Wille發動US作戰奪回太空上的初號機，《Ｑ》的故事開始⋯⋯本來應該是這樣。

若然這一切，還能挽回？

要是Seele的計畫被大幅擾亂；

要是Wille的骨幹成員及時發現Nerv的陰謀；

要是真嗣成功從凍結的初號機中被救出；

新劇場版的故事又會怎樣發展下去呢？第三次衝擊能夠被阻止嗎？孩子們的命運又會如何？

在此呈現，「空白的十四年」的另一種可能性。

「對不起，真嗣君，這次，一定會讓你幸福。」