天使與方舟講述的是災後世界，人們帶著理想重建世界，但結果仍然逃不過錯誤的循環。

2079年，在太平洋的某個海上人工都市，少年的一個炫耀舉動讓政府被黑客入侵，隨之而來的一連串事件讓城市陷入前所未有的混亂。

少年與少女的相遇成為事件的轉捩點，恐怖襲擊的陰謀，戰爭機器的覺醒，同伴壯烈的犧牲，究竟讓世界再一次陷入瘋狂的是甚麼？