在《破》的結尾，覺醒了的初號機連同真嗣和綾波被凍結，改造成自律型後的Mark.06被投放至中央教條，第三次衝擊繼而發生。十四年後，Wille發動US作戰奪回太空上的初號機，《Ｑ》的故事開始⋯⋯本來應該是這樣。

若然這一切，還能挽回？

要是Seele的計畫被大幅擾亂；

要是Wille的骨幹成員及時發現Nerv的陰謀；

要是真嗣成功從凍結的初號機中被救出；

新劇場版的故事又會怎樣發展下去呢？第三次衝擊能夠被阻止嗎？孩子們的命運又會如何？

在此呈現，「空白的十四年」的另一種可能性。

「對不起，真嗣君，這次，一定會讓你幸福。」

「靈殿的門番，守護者之長，順應召喚而來。」

地球漂白事件圓滿解決，藤丸立香卻遭空想樹種子入侵而昏迷、同時被魔術協會下達封印指定。

殘餘的從者分成了兩派——贊同協會方針的英靈對策局、以及不惜宣戰的菲尼斯。戰火蔓延至斯拉以至整個倫敦，最後站在兩派人馬前的，竟然是以靈長總意之名自稱的從者？！

決戰之地就在南極，II世一行人要採取怎樣的奇策，才能同時拯救御主和世界？

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某次團練後的夜裡，月歌冷不防對蒼井告白。如常地散漫的她，實際上卻不是至今為止的月歌。

「初次見面，本官是熾天使第３４期部隊五翼特尉，茅森月歌。」

為了蒼井而把意識傳回過去的月歌，目的是獨自打倒頭目星癌體，好讓作戰神不知鬼不覺地安然落幕。事件真的能如此順利嗎？就算能反抗命運，月歌最後又該⋯⋯

「只要你記得，蒼井就永遠和你在一起。」

因守護而起、遺憾和救贖的故事，在此呈上。